Η Κ.Α.Θ. Α.Ε. διαρθρώνεται υπό τον Διευθύνοντα Σύμβουλο σε μία Διεύθυνση που απαρτίζεται από τέσσερα Τμήματα και τη Νομική Υπηρεσία. Τα Τμήματα έχουν ως εξής: Τμήμα Εποπτείας & Εμπορίου, Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών, Τμήμα Διοικητικών Υπηρεσιών, Τμήμα Τεχνικών Υπηρεσιών. Οι οργανικές θέσεις, που προβλέπονται από το οργανόγραμμα της εταιρείας, είναι είκοσι μία (21).
